Talvez a maior desvantagem de basear a rede no Linux é que a grande maioria dos alunos nunca teve contato com sistemas Unix. Assim, grande parte dos alunos demonstra dificuldade em utilizar a rede, principalmente os que não cursam BCC.
Para amenizar esses problema, tentamos cobrir os pontos mais difíceis através de FAQs (veja seção 8.1.2). Entretanto, aparentemente estes ainda não suficientes (ou adequados) para eliminar todas as dificuldades dos usuários. Além disso, muitos usuários não gostam ou não se preocupam em ler documentação.
Um ``problema'' relacionado é a ausência de certos aplicativos proprietários comumente usados doméstica e comercialmente, como Word, Excel, Power Point, etc. Esse problema tem sido sanado pelo surgimento de programas compatíveis, como o StarOffice.