A maior parte da instalação de software é feita durante a instalação das máquinas (ver seção 5.5). A escolha dos pacotes baseia-se na lista de pacotes instalados anteriormente.
Novos programas podem vir a ser instalados por várias razões: por não fazerem parte da distribuição de escolha, por pedidos de usuários ou de professores, lançamentos de programas, obsolescência de programas instalados, etc.
Deve-se evitar instalar programas cuja funcionalidade já esteja presente em outros programas instalados na rede.
Deve-se dar preferência a software livre. #Isto é, caso haja um programa livre que preencha a necessidade em questão, deve ter preferência.
Programas proprietários só podem ser instalados se o IME tiver a licença apropriada.