Alunos

Rafael Issao Miyagawa - #USP: 3728716
Vivian Lababde Cury - #USP: 3672228

Supervisor

Prof. Dr. Alair Pereira do Lago

Resumo

Em dias atuais, identificação de dna é um procedimento largamente usado para diversos propósitos como teste de paternidade, medicina legal e identificação de corpos. Os métodos mais utilizados para identificação de dna envolve o estudo das regiões polimórficas chamadas de STR ("short tandem repeat" ou repetições curtas encadeadas).

Após o reconhecimento destas regiões, podemos realizar um alinhamento entre duas cadeias usando algoritmos de alinhamento de sequência .Alinhamento de sequências é um método para comparar e organizar sequências primárias de DNA, RNA ou proteína, para identificar regiões similares que possam ser consequências de relações funcionais, estruturais ou evolucionárias entre elas.

Os alinhamentos de sequência normalmente levam em conta três tipos de eventos: mutações pontuais com substituição de símbolos, inserção ou remoção de símbolos. Para o nosso problema convém a utilização de algoritmos de alinhamento específico para o tratamento também do evento das duplicações.

Realizaremos estudos e implementações de algoritmos para o alinhamento com dados reais e, consequentemente, analisaremos as regiões STR.

Objetivos

Pretendemos estudar o processo de identificação de dna realizando as seguintes atividades:

• Coleta de dados reais para os testes
• Estudar os métodos de identificação de DNA
• Estudar algoritmos de alinhamento para STR's
• Ajuste paramétrico dos algoritmos
• Estudo, revisão e imlpementação dos modelos biológicos
• Desenho de interfaces para o problema da identificação

Cronograma

Atividade/Mês	JUL	AGO	SET	OUT	NOV
1	X	X
2	X	X
3	X	X
4		X	X
5			X	X
6				X	X
7				X	X

Legenda

1. Coleta de dados e realização de testes
2. Estudos dos métodos de identificação de DNA
3. Estudo dos algoritmos de alinhamento para STR's
4. Estudo, revisão e programação dos modelos envolvidos
5. Desenho e implementação de interfaces para o problema da identificação
6. Preparação do pôster e apresentação do trabalho
7. Preparação da monografia

Estrutura esperada da monografia

A monografia deverá conter as seguintes partes:

1. Parte técnica

   Introdução

   Apresentação e definição de conceitos envolvidos em um processo de identificação de DNA

   Métodos de alinhamento para STR

   Apresentação dos métodos envolvidos para alinhamento de sequência para STR's e um estudo revisado sobre a programação de cada método

   Comparação dos métodos de alinhamento com dados reais

   Comparação através dos resultados de testes realizados com dados reais

   Inteface

   Apresentação das interfaces e o uso delas

   Conclusão

   Conclusão sobre o trabalho

   Bibliografia
   
   

2. Parte subjetiva
   Nesta parte, cada integrante do grupo escreverá sobre as experiências vividas neste trabalho.